Para configurar la zona horaria en WHMCS , basta con editar el archivo configuration.php , ubicado en la carpeta public_html (o donse halla sido instalado whmcs)
Agregar la siguiente linea :
date_default_timezone_set(‘America/Lima’);
Para ver una completa relacion de diferentes Zonas Horarias, ver el siguiente link :
http://php.net/manual/en/timezones.php